Todos los metanotrofos pueden crecer con compuestos de C como única fuente de carbono. Las rutas por las cuales asimilan compuestos de C en compuestos celulares varian dependiendo q tipo de sistema membranoso sea. Los metanotrofos asimilan substratos de C por las dos únicas rutas para las que el formaldehido es el precursor inmediato: Estas son la ruta de la ribulosa monofosfato y la ruta de la serina